En el año 1955, se realizó un experimento biológico, en lo que aquellos tiempos se denominaba Checoslovaquia. Este experimento llevado a cabo por el Coronel Karel Hartl, consistía en cruzar al Pastor Alemán con el Lobo de los Cárpatos. Los resultados fueron que tanto la descendencia de la cruza de perro con loba, así como de la cruza de perra con lobo, daban ejemplares que podían ser criados. Para la continuación de la raza, la mayoría de los cachorros poseían condiciones genéticas favorables. Lo que se pretendia con este cruce era crear ejemplares muy resistentes, con grandes habilidades para el rastreo y un fuerte carácter. Ya que la idea era utilizarlos para la seguridad fronteriza.
En 1958 nace la primera camada procedente del cruce entre el Pastor Aleman Cezar z Brezoveho haje y la loba llamada Brita. Aquí podemos ver una foto del segundo cruce realizado entre el Pastor Aleman Kurt z Václavky y de nuevo la loba Brita. La cria continuó, cruzandose estos hibridos con numerosos Pastores Alemanes (hay que destacar que los Pastores Alemanes usados provenian de magnificas lineas de trabajo).
En el año 1965, al terminar los experimentos, se inició el proyecto de crianza de la nueva raza, mas centrado ya en la crianza civil, con la insercion de otros 4 lobos/as. Creandose asi 5 lineas de sangre. En 1979, gracias al trabajo de los criadores eslovacos, sobre todo destacando a Frank Rosik, nace Rep z Pohranièní stráze, perro modelo para la creacion del estandar de la raza.
En el año 1982, por propuesta de los clubes criadores de la entonces llamada Chescoslovaquia, se reconoció al Perro Lobo Checoslovaco como raza nacional.
En 1999 la FCI registra de forma definitiva la raza Pero Lobo Checoslovaco
